仙居国家公园历来十分重视生态保护工作，始终将生物多样性保护放在首位，走绿色发展道路，坚持在发展中保护、在保护中发展，“兑现”绿水青山。公园内生物资源丰富，共记录有动植物279科2046种（其中国家重点保护野生动植物73种，浙江省重点保护野生动植物92种），被誉为浙江省内罕见的天然植物“基因库”、动植物的“博物馆”。

　　一、构建生物多样性保护体系，共商共策“生态家园”

　　一是整合资源，划出一个“生态圈”。2015年制定《仙居国家公园建设规划》，整合国家级风景名胜区、国家级森林公园、省级自然保护区等8个保护园区，成立301.89平方公里的国家公园。整合23个县级部门管理职能，成立仙居国家公园管理委员会，积极探索国家公园建设的“仙居模式”，实行统一管理、整体保护和系统修复，扩大仙居的生态优势。

　　二是先行先试，出台一套“新政策”。2014年发布全国首个县级行政区域生物多样性保护行动计划——《仙居县生物多样性保护行动计划（2015-2030年）》，提前谋划15年内生物多样性保护工作；颁布全国首个国家公园全域禁猎令《关于在仙居国家公园内设立禁猎区的通告》，充分保障野生动物的生息繁衍；编制《国家森林公园总体规划》等系列规划。用政策制度实现生物多样性资源的长效保护和科学利用。

　　二、提升生物多样性保护能力，共治共建“和谐家园”

　　一是开展调查评估，明晰“家底”。在国家公园区域内设置红外相机100台，持续开展生物多样性的动态监测，通过野生动植物资源智慧监测和监管体系，完成了两轮仙居国家公园范围内野生动植物的本底调查，验证了中华穿山甲、黄腹角雉、白颈长尾雉等珍稀濒危物种在仙居的分布，还完成了20个濒危物种的专项调查并形成专项调查报告，新发现仙居刺齿跳、仙居多足摇蚊、仙居狭摇蚊、仙居马诺亚摇蚊、仙居边框桥弯藻、仙居紫菀等8个以仙居命名的新物种，获得8项国家实用新型专利。

　　二是开展违法打击，守护“精灵”。开展生物多样性保护野外巡护，会同检察院、农业农村局、野保协会等联合开展巡查，打击偷猎盗猎、盗挖滥采行为。截至2023年度，累计救助各类保护动物包括国一级穿山甲、国二级的白鹇、凤头鹰、红隼等684只。

　　三是开展生态修复，改善环境。与法国开发署合作，贷款7500万欧元开展“仙居县域生物多样性保护和发展利用示范工程”建设，用于自然遗产与文化遗产保护、基础设施与能力提升等方面。其中，天高尖、茅草山、李家畈地块的生态修复工程已完成项目验收,有效改善和恢复生态系统功能，缓解了生物多样性丧失压力。法国开发署贷款仙居县域生物多样性保护和发展利用示范工程，作为唯一一个生物多样性领域的优秀案例入选财政部《多双边贷款项目案例集》。

　　三、深化生物多样性保护成效，共创共享“美好家园”

　　一是聚焦对外交流，深化国际合作。与法国孚日大区签订“姐妹公园”战略合作框架协议，交流借鉴自然保护地管理和建设经验；与联合国环境规划署交流合作，发布仙居国家公园生态系统服务价值。2019年，仙居国家公园被吸纳为“中国生物圈保护区网络”成员。并和IUCN（世界自然保护联盟）、GEF（全球环境基金）等建立友好关系

　　二是办好博物馆，共享研究成果。建成全省首个以生物多样性为主题的博物馆——仙居生物多样性博物馆。博物馆展厅由地质景观、生态系统、动物多样性等6个主要展厅组成。自开馆以来，博物馆将科普与趣味充分结合，不仅发挥了收藏、展示等功能，还充当着“学校”和“城市会客厅”的角色，受到了各级领导和社会公众的广泛好评，成为了新兴文旅打卡点，入选为“第四批浙江省国际人文交流基地”“第一批浙江省生物多样性体验地”“浙江省第二批乡村博物馆”“第四批浙江省自然教育基地”“台州市级科普教育基地”“台州市关心下一代教育基地”。自试运营至今，已接待参观人数达10万人次。